Los orígenes de esta corporación se remontan al siglo XVII, siendo los primeros datos documentales de 1772, apuntándola como filial de la Hermandad de la Puente del Cedrón.1
En 1911, con la reorganización de la cofradía en la iglesia del Sagrario, el antiguo Cristo del convento del Císter vuelve a procesionar. En 1921 Pollinica es una de las Cofradías que funda la Agrupación de Cofradías de Semana Santa de Málaga, legalizándose los estatutos de la corporación en 1922.1
En 1943, después deL periodo de la Segunda República y la Guerra Civil, en los cuales se perdió la imagen titular, se bendice la actual imagen del Señor, obra de Martínez Cerrillo, sustituyendo a la imagen de Martín Simónque se procesionaba desde la década de los años 1930, y se produce el traslado a la Iglesia de San Felipe Neri. En 1947 se bendice la imagen de María Stma del Amparo, de Castillo Ariza.1
En 1981 se traslada a su actual sede, la Iglesia de San Agustín, y después de muchas tensiones realiza la primera salida matinal. Del 2001 al 2005 los tronos estuvieron saliendo desde la Catedral. En 2006 realiza su primera salida desde la Casa Hermandad de calle Parra.